ミソプロストールの服用後に妊娠が続いている場合、胎児の奇形のある赤ちゃんを産むリスクが高まります。胎児をミソプロストールにさらすと、頭蓋骨の欠陥や手足や神経系の異常などの奇形を引き起こす可能性があります（メビウス症候群と呼ばれます）。ただし、このリスクは小さく、1000件あたりに10未満であるとされています。
妊娠12週後にミソプロストールを服用した場合、このリスクはもはや存在しません。
可能であれば、妊娠中の女性には、胎児の奇形のリスクを完全に回避するために、外科的または薬剤による中絶を受けて妊娠を終了することをお勧めします。
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研究によると、ミフェプリストンだけにさらされ、中絶されなかった胎児は、通常通り成長し続けます。
ミフェプリストンの流通に制限が課されているため、薬剤による中絶方法として効果が劣るにも関わらず、多くの女性はミソプロストールのみの利用しかできない状態にあります。Women on Webは、両方の薬を提供し、効果的な処方が利用できようにすることで、自宅での薬による中絶を女性にとってより安全なものとし、妊娠が継続する可能性を減らします。
