ミソプロストールを舌下、経膣、または口腔内投与（歯ぐきと頬の間）の3つの方法で用いることができます。これらの方法は、中絶を生じさせる上でそれぞれに同様の効果があります。しかし、すべてのミソプロストールは、選んだ一つの方法で一貫して使用する必要があります。例えば、一つの妊娠中絶過程において、舌の下と膣にミソプロストールを服用しないでください。
ミソプロストールを舌下で投与することを強くお勧めします。ミソプロストールを舌下で投与した場合、万が一病院に行かなければならない時も、錠剤が見つからないからです。ミフェプリストンやミソプロストールを服用したことは血液検査により証明できないため、あなたが中絶を試みたことを証明する方法はありません。
女性が中絶を行うと起訴されてしまう国では、中絶をしようとしたことを医療関係者に伝えなくてもかまいません。流産したと伝えることができます。医師を含め、医療提供者にはその違いは分かりません。対処法も自然流産と同じです。真空吸引にて対処し、医師は子宮から残りの組織を取り除きます。医師はあらゆる場合において患者を助ける義務があります。
錠剤を経膣投与したい場合、ミソプロストールを膣のできるだけ奥の方の子宮が始まる入口のあたりに入れます。病院のスタッフが警察に通報する可能性のある場所に住んでいる場合は、合併症を併発する際に、膣の中で錠剤が全部きちんと溶けたかどうかを指で注意深く確かめます。溶けずに残っている錠剤を取り除いて、すぐに病院に行ってください。錠剤が完全に溶解するまでには通常4日間かかります。
詳細については、薬剤による中絶の管理に関するWHO（世界保健機関）のガイドラインをご参照ください。
