Pengguguran secara perubatan pada kebiasaannya akan menyebabkan beberapa kesan sampingan seperti kesakitan dan kekejangan, dan juga pendarahan yang dituruti dengan pengeluaran darah beku dan sel tisu. Loya, muntah-muntah, cirit-birit, pening kepala, dan panas dalam atau demam juga mungkin akan berlaku.
Demam yang bermula sebaik sahaja selepas penggunaan Misoprostol dan berlanjutan kurang dari 24 jam serta kurang dari 100.4 F/ 38 C adalah kesan sampingan biasa. Sekiranya demam tersebut berlanjutan lebih lama dari 24 jam atau lebih tinggi dari 100.4 F/38 C, anda perlu mendapatkan rawatan perubatan dengan segera.
Reaksi alahan terhadap ubat-ubatan tersebut boleh menyebabkan kegatalan (ruam merah yang gatal-gatal atau bengkak pada kulit).
Sekiranya kesan sampingan anda adalah melampau dan teruk, anda mungkin mengalami komplikasi. Sila rujuk pada soalan "Bagaimana anda tahu sekiranya anda mengalami komplikasi dan apa yang perlu anda lakukan?" jika anda berasa seperti anda mungkin mengalami kesan sampingan yang tidak normal.
